如果网络成员与域控制器间没有可靠的连接与信息交互，那么一个活动目录网络是没有任何价值和作用的。因此，首先要考虑的就是为域控制器提供物理保障。记住，没有安全的域控制器，就没有安全的网络。通常要考虑你所处环境中是否存在主要问题，它会威胁或干扰有效工作所需的活动目录网络。在设计活动目录结构与物理位置时要尽可能多的考虑保护措施问题。
你需要一间机房。在那里放置主要设备及有价值的系统。除了几个特定管理员，机房不对其他人开放。平时是锁上的，进出都有监控与记录。可以把你的活动目录域控制器，DNS服务器和其他重要系统放在机房里。
也可准备两个或多个机房放置备份或其他系统。由于活动目录每个域至少需要2至3个域控制器，因此把每个域控制器放在不同机房。记住活动目录是逻辑而非物理结构，可允许线缆的物理交迭，不必重复域的逻辑位置。只要使用的线缆不超过最大长度（双绞线为100米），且没有中继器，集中器和放大器，域控制器的物理位置是不会影响活动目录的性能，功效的。
机房里可配置气态防火系统，如二氧化碳或美国环保署认可的FM－200。这些系统可以去除空气中的氧，并干扰燃烧中的化学反应。但它们对人体有害，必须在人少去的地方使用。而那些确实需进入机房的人们要接收训练，掌握如何快速逃生及如何使用便携呼吸器。选择一种对计算机系统损害最小的防火介质。记住，支持活动目录域控制器的硬件及其他重要系统通常非常昂贵。如果因为使用水或其他错误的防火介质而损坏设备，那你的硬件保护投资没有任何意义。
机房可以为计算机设备提供较合适的存放环境。里面的温度要低于其他房间（通常为64－70F）。湿度控制在45－60％间，以防止静电和凝露。再次声明，要为你的活动目录控制器提供最好的运行环境。除了温度与湿度，还要注意防尘、烟、空中的颗粒，强磁场，清洁剂（其中的氨水会破坏电路板），震动及电流不稳（电力情况对任何类型的服务器都至关重要，尤其是活动目录控制器）等问题。
如果活动目录与控制器对你非常重要，就更应努力为其提供物理保护。机房尽量设在大楼的中央位置，这样可以提供多层物理保护。如果可能，不要把机房设在1楼，顶楼和地下室。一楼会有人随意进入，顶楼会出现房屋漏水问题，而地下室则有因天气或水管暴裂引起的水灾。
通过额外的设计跟努力，完全有可能为服务器，如活动目录域控制器，建立稳固可靠的物理保护。而这些保护在防止意外或重大问题上的作用是巨大的。
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