1、HotSwap：在Java中HotSwap技术给程序的调试带来非常大的方便，比如可以让程序一边调试一边修改代码，代码修改以后在程序中立即就可以看到修改后的效果，不用每次修改以后都要重新启动程序；在.Net中几乎不允许这样做，只有在非常苛刻的几个情况下才可以实现在调试状态下修改代码，而且一旦代码段被执行过了就肯定不允许再修改了，这就导致每次修改代码都要频繁启动程序，非常繁琐。
2、基于.Net的东西和Windows结合过于紧密，而且和Windows平台下一些旧有技术有太多千丝万缕的联系，导致用起来非常麻烦。比如每个对外部系统暴露的接口传来传去最后看到的类型是_ComObject，要想得知其真正的接口类型就必须通过COM技术来取得，非常麻烦；开发的很多组件都需要到注册表中注册，增加了部署的难度。
3、Visual Studio中代码的即时查错能力非常弱，很多的要到编译时才能知道代码是否有错；而在Eclipse中在编写代码的时候对于有错误的代码和有警告的代码（比如一些Private成员没有被引用）可以立即清晰的提示出来，开发人员可以立即修改有错误的代码。
4、Java中默认的方法都是可以override的除非标注为final，而在C#中必须是明确声明virtual的才可以override。在Delphi中也是类似的问题，这应该是Delphi和C#共同的老爹Anders Hejlsberg对于OO的一种理念吧，也许人家大师的想法是正确的：一个方法是否是虚方法必须要明确指定。不过对于习惯了Java中这种实现方式的人来说，C#的这种实现方式还是让人感觉一时难以适应的。
5、Visual Studio的编译速度太慢，点击【调试】/【运行】按钮以后要编译好长一段时间才能启动（不过和Visual Studio6比起来现在的Visual Studio编译速度已经快多了了，已经接近于Delphi的编译速度了）；由于Eclipse使用的自己的高性能编译器Eclipse Compiler，而且代码的编译是在编写代码的时候即时进行的，所以在Eclipse中根本感觉不到编译的时间，点击【调试】/【运行】按钮以后程序就运行起来的。
6、.Net类库中一些类设计的不灵活，比如TreeView的节点的显示的值是通过Text属性赋值上去的；而在Java中的Swing、SWT等图形库中，可以在一个树节点中挂任何类型的值，然后通过为这个节点定义个性化的Render（渲染器）来决定这些树节点显示什么。
7、Visual Studio的插件体系过于死板，开发起来不像开发Eclipse插件那样灵活简便，这可能和Visual Studio插件体系的历史渊源有关系。举例如下：
（1）比如要在代码编辑器上增加新特性，在Eclipse中可以通过代码编辑器中提供的大量扩展点来实现，而在Visual Studio中的代码编辑器中则只提供了很可怜的几个可扩展性。这一点是Visual Studio插件体系最大的硬伤，大大限制了基于Visual Stuio的插件的功能，相信随着MS对Visual Studio插件体系的逐渐重视，这一点会慢慢跟上来的。
（2）Visual Studio的插件体系和.Net结合过于紧密，在Eclipse中可以为Python、Ruby、C#、C、ASM等很多语言开发IDE（提供代码编辑、代码辅助、调试、编译等功能），这些语言不必与Java有任何关系，而在Visual Studio中虽然也可以为一种语言编写IDE，比如IronPython、J#，但是这些语言是和.Net集合紧密的，比如要为这种语言提供调试功能，则必须将代码编译成MSIL代码，这对于很多语言来讲是不可能的；
（3）Eclipse中的插件只要在自己的plugin.xml文件中配置好就可以了，把那个插件的jar包放到Eclipse中就可以运行，而Visual Studio中的插件则必须首先注册到注册表，调试和部署起来非常麻烦；
（4）Eclipse运行时的配置是保存在Workspace中的.metedata目录下的，因此在开发插件的时候会把插件的配置信息自动写到Host起来的那个Eclipse的Workspace中，被调试模式启动的Eclipse所做的一些修改不会影响主Eclipse，而在Visual Studio中虽然可以使用Experimental Hive方式进行插件开发，但是由于这些配置是保存在注册表中的，所以被Host启动的Visual Studio实例会污染到主Visual Studio，每次重启IDE都需要运行“Reset the Microsoft Visual Studio 2008 Experimental hive”来进行环境的重置，且重置耗时非常长，浪费了大量时间；
（5）VS2008中，如果插件中抛出异常，而又没有捕获的话，轻则VS2008会显示一个错误消息框，重则VS2008会宕掉；而在Eclipse中会将插件中未捕获异常显示出来并且输出到日志文件中，方便插件开发者排查插件的Bug。
（6）Eclipse中工程相关的特性是以Nature的方式提供的，一个Nature通常可以挂接到几乎所有的工程类型中去，包括用户自定义类型；而在Visual Studio中工程相关的特性则是以SubProject的形式提供的，往往只能挂到Visual Studio内置的少数几个工程类型中去（比如CSharpProject、VBProject），这样可扩展性大大降低了。
（7）Eclipse中可以使用JET来开发非常复杂的代码生成器，而Visual Studio中的代码生成则只能用非常简单的代码模板机制，复杂的逻辑就必须通过字符串拼接来完成。