目录树可以分为小的部分，每个部分可以在自己的磁盘或分区上。主要部分是根、/usr 、/var 和 /home 文件系统。每个部分有不同的目的。
每台机器都有根文件系统，它包含系统引导和使其他文件系统得以mount所必要的文件，根文件系统应该有单用户状态所必须的足够的内容。还应该包括修复损坏系统、恢复备份等的工具。
/usr 文件系统包含所有命令、库、man页和其他一般操作中所需的不改变的文件。 /usr 不应该有一般使用中要修改的文件。这样允许此文件系统中的文件通过网络共享，这样可以更有效，因为这样节省了磁盘空间(/usr 很容易是数百兆)，且易于管理(当升级应用时，只有主/usr 需要改变，而无须改变每台机器) 即使此文件系统在本地盘上，也可以只读mount，以减少系统崩溃时文件系统的损坏。
/var 文件系统包含会改变的文件，比如spool目录(mail、news、打印机等用的)， log文件、formatted manual pages和暂存文件。传统上 /var 的所有东西曾在 /usr 下的某个地方，但这样/usr 就不可能只读安装了。
/home 文件系统包含用户家目录，即系统上的所有实际数据。一个大的/home 可能要分为若干文件系统，需要在/home 下加一级名字，如/home/students 、/home/staff 等。
虽然上面将不同的部分称为文件系统，但它们不必是真的分离的文件系统。如果系统是小的单用户系统，而用户希望简单化，可以很容易地放在一个文件系统中。根据磁盘容量和不同目的所需分配的空间，目录树也可以分到不同的文件系统中。重要的是使用标准的名字，即使/var 和/usr 在同一分区上，名字 /usr/lib/libc.a 和/var/adm/messages 必须能工作，例如将/var 下的文件移动到/usr/var ，并将 /var 作为/usr/var 的符号连接。
Unix文件结构根据目的来分组文件，即所有的命令在一个地方，所有的数据在另一个地方，所有的文档又在一个地方，等等。另一个方法是根据属于的程序分组文件，即所有Emacs文件在一个目录中，所有TeX文件在另一个中，等等。后一种方法的问题是文件难于共享(程序目录经常同时包含静态可共享的和动态不可共享的文件)，有时难于查找 (例如man页在极大数量的地方，使man程序查找它们极其困难)。
根文件系统
根文件系统一般应该比较小，因为包括严格的文件和一个小的不经常改变的文件系统不容易损坏。损坏的根文件系统一般意味着除非用特定的方法(例如从软盘)系统无法引导。
根目录一般不含任何文件，除了可能的标准的系统引导映象，通常叫/vmlinuz 。所有其他文件在根文件系统的子目录中。
/bin :引导启动所需的命令或普通用户可能用的命令(可能在引导启动后)。
/sbin :类似/bin ，但不给普通用户使用，虽然如果必要且允许时可以使用。
/etc :特定机器的配置文件。
/root:root用户的家目录。
/lib :根文件系统上的程序所需的共享库。
/lib/modules :核心可加载模块，特别是那些恢复损坏系统时引导所需的(例如网络和文件系统驱动)。
/dev :设备文件。
/tmp :临时文件。引导启动后运行的程序应该使用/var/tmp ，而不是/tmp ，因为前者可能在一个拥有更多空间的磁盘上。
/boot :引导加载器(bootstrap loader)使用的文件，如LILO。核心映象也经常在这里，而不是在根目录。如果有许多核心映象，这个目录可能变得很大，这时可能使用单独的文件系统更好。另一个理由是要确保核心映象必须在IDE硬盘的前1024柱面内。
/mnt :系统管理员临时mount的安装点。程序并不自动支持安装到/mnt 。 /mnt 可以分为子目录(例如/mnt/dosa 可能是使用MSDOS文件系统的软驱，而/mnt/exta 可能是使用ext2文件系统的软驱)。
/proc , /usr , /var , /home :其他文件系统的安装点。
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